Dawkins telah berkahwin sebanyak tiga kali, dan mempunyai seorang anak perempuan. Pada 19 Ogos 1967, Dawkins berkahwin seorang etologis yang bernama Marian Setem di Annestown, County Waterford, Ireland; mereka bercerai pada tahun 1984. Pada 1 Jun 1984, beliau berkahwin dengan Hawa Barham (19 Ogos 1951 - 28 Februari 1999) di Oxford. Mereka mempunyai seorang anak perempuan, Juliet Emma Dawkins (lahir 1984, Oxford). Dawkins dan Barham juga bercerai.[22] Pada tahun 1992, beliau berkahwin dengan pelakon Lalla Ward di[22] Kensington dan Chelsea, London. Dawkins bertemu dengan beliau melalui rakan bersama mereka Douglas Adams,[23] yang pernah bekerja dengan beliau di BBC Doctor Who. Pasangan itu mengumumkan perpisahan "sepenuhnya secara baik" pada Julai 2016.[24]

Pada 6 Februari 2016, Dawkins mengalami strok pendarahan kecil ketika di rumah.[25][26] Dawkins melaporkan bahawa dia telah pulih.[27][28]